Uno de los palacios más modernos y más grandes que rodean la plaza mayor del gran Qosqo era la pertenencia de Wayna Qhapaq. Ese palacio llamado Amarukancha se otorgó a Hernando Pizarro después de la invasión española. Años mas tarde la propiedad fue comprada a los herederos del conquistador por Diego de Silva y su esposa Teresa Orgoñez que lo donaron a los Jesuitas tiempo después de su llegada a esta ciudad en 1571; para que puedan construir ellos una iglesia. El fundador de la "Sociedad de Jesús" o el Orden de Jesuitas fue San Ignacio de Loyola.

Junto con algunos otros clérigos regulares apoyó la reforma del contador que tendió a fortalecer la iglesia y luchar contra la tesis herética y cismática. Los Jesuitas llegaron al Perú en 1568 y como consecuencia a esta ciudad; simplemente después de llegada empezaron a construir sus primeras capillas para los "indios" una de ellas es nombrada como "Nuestra Señora de Loreto". La iglesia principal fue construida después, pero en el año 1650 fue destruida con un terremoto; no se conoce al diseñador de la iglesia actual que ha sido construida durante 17 años e inaugurado en 1668. Los Jesuitas se volvieron materialistas y muy malos sus grandes fortunas fueron adquiridas con métodos malévolos y oscuros. Motivo por el que se pidió la expulsión del Rey Carlos III en 1767 y la confiscación de todas sus propiedades, artes trabajadas, joyas; y los más valiosos artículos se mandaron a España.

La iglesia principalmente fue hecha con andesita y tiene la más bonita fachada entre las iglesias de la ciudad. En la entrada principal esta la Virgen Concepción Inmaculada tallada en berenguela (mármol) muy cerca de ella hay dos capillas externas que se apoyan a la iglesia principal; hacia el norte está la capilla de la Virgen de Loreto (desde 1894 es conocida como la capilla de la Virgen de Lourdes) que hoy todavía sirve para el culto y donde casi siempre se adora al Señor de Burgos (que se trajo de los demolimos de la iglesia de San Agustín). Hacia el sur está la capilla de San Ignacio de Loyola que se otorgó a la Sociedad del Qosqo de Artesanos. Dentro de la iglesia hay una nave ancha; en su extremo el Altar Alto que fue tallado en madera de cedro con un estilo híbrido por Diego Martínez de Oviedo, también fue completamente dorado con hojuelas de oro por Cristóbal Clemente en 1670. Este altar tiene 21 metros (69 pies) de alto y 12 mts. (39 pies) de ancho, en su parte central está la efigie de la Virgen Concepción Inmaculada y superiormente hay una lona que representa la Transfiguración del Señor; encima de él hay una estatua del mismo Orden de algún personaje no identificado. La nave principal también tiene un camino que comunica las dos capillas laterales, hay seis retablos con estilo de los buzos y un púlpito completamente dorado.

En ambos lados del Altar Alto hay otros 4 altares de madera cedro, tres de ellos muy ricos.
Después de los trabajos de la restauración en 1986 se descubrió bajo el Altar Alto un subsuelo muy interesante.

En el lado superior, alrededor de las ventanas de alabastro (Huamanga) hay lonas que representan la vida de San Ignacio de Loyola, pintadas por Marcos Zapata y su ayudante Cipriano Gutiérrez. Dentro del edificio, en ambos lados de la verja principal hay dos lonas que representan a San Ignacio de Loyola que en uno de ellos cura a las personas enfermas y en otros esta victorioso encima de los herejes y las personas cismáticas que causaron la reforma religiosa. Alrededor también hay dos lonas que tienen mucho valor histórico, el de la pared norteña representa la boda del Capitán español Martín García Oñas de Loyola que era sobrino de San Ignacio de Loyola y aprehensor de los últimos incas de Tupac Amaru; y Clara Beatriz Qoya, hija de Sayri Tupac y por consiguiente la sobrina de Tupac Amaru. Clara Beatriz era la heredera absoluta del Marquesado de Oropesa; de este matrimonio nació Lorenza Ñusta de Loyola que se casó con Juan Borgia, hijo de San Francis Borgia; de quienes se representan casándose. En un lado está la pintura de Tupac Amaru y Sayri Tupac, y de la princesa Clara Beatriz con ropa nativa; detrás de ellos una hay tenencia del hombre nativo que es el "achiwa" una especie de sombrilla hecha de plumas de pájaros multicolores y solamente usado por el Inca. La lona en la pared del sur representa las bodas de Beltran García de Loyola con Teresa Idiaquez y de Juan Idiaquez con Magdalena de Loyola.

Hacia el sur está la capilla de San Ignacio de Loyola y el edificio de la Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cusco. Ese edificio sirvió originalmente a la Universidad de San Ignacio de Loyola que era parte de la Universidad de la Transfiguración, creado por el Papa Gregory XV en 1621. Después de que los Jesuitas se expelieron en 1767 el edificio sirvió como cuarteles del ejército dónde fue encarcelado. José Gabriel Tupac Amaru

El Seminario Universidad de San Antonio Abad se fundó en 1598 en su edificio de cuadra de Nazarenas (el Hotel del día presente Monasterio); un siglo después, en 1692 mediante un documento dado por el Papa Inocencio XII se creó la Universidad de San Antonio Abad.