La orden franciscana fue fundada por San Francisco de Asís en Italia, a principios del siglo XIII. Los franciscanos llegaron al Cusco por los primeros años de la conquista y se localizaron en el distrito de San Blas, después en la cuadra de Nazarenas en el palacio antiguo de Qasana que perteneció al Inca Pachakuteq ubicado en la plaza mayor y finalmente en la cuadra de San Francisco en 1549. No es conocido el arquitecto que diseñó el edificio; sin embargo, se conoce que Francisco Domínguez Chávez y Arellano, fue un arquitecto cusqueño que trabajó como albañil principal. La estructura de la iglesia es relativamente simple y tiene una torre y dos cercas sólidas hecho con andesitas de los edificios prehispánicos. Sus obras de arte originales fueron destruidas por un sacerdote que "modernizó" la iglesia con obras de arte neoclásicas hecho con yeso. Su altar es neoclásico tiene la imagen de San Francisco de Asís en la parte central y de la Virgen de la Concepción Inmaculada. Hay también otros 11 retablos menores, todos hechos en yeso también tiene un púlpito de madera cedro muy antiguo. El claustro del convento es el más viejo de la ciudad con un estilo del renacimiento con diversas influencias. Tiene un techo impresionante decorado con los tableros pintados. Aquí hay una lona enorme que posiblemente es el más grande del continente mide aproximadamente 12 mts. (39 pies) de alto y 9 mts. (30 pies) de ancho; fue pintado por Juan Espinoza del Monteros en 1699. Esta pintura representa 12 ramas del la orden franciscana contiene 683 personajes, 224 escudos y armas y 203 leyendas de biografía. Lo que también es impresionante es el coro de la iglesia que se talló en madera cedro por los franciscanos Luis Montes, Isidro Fernández y Antonio de Paz, en 1652. Este coro contiene imágenes de 93 Santos de la Iglesia católica; su facistol es muy bueno, también hay un órgano imponente alemán, hay muchas más lonas en los diferentes cuartos y claustros; casi todos ellos son anónimos y pertenecen a la Escuela de pintura Cusqueña.