Todavía permanece en la oscuridad del pasado las condiciones y fecha de cuando el hombre empezó habitar este continente. Sin embargo la mayoría aceptó la versión de que el hombre americano vino del continente asiático cruzando el estrecho de Bering a América del Sur. Según la arqueología este hombre debe de haber vivido aproximadamente hace 30 a 50 mil años. En 1969 Mac Neish reveló fechas antiguas para los primeros peruanos de 18 a 20 mil años a.C. para el Hombre de Pacaicasa en Ayacucho.

En la región de Qosqo había algunos pagos pre-cerámicos, así los más viejos eran de los Hombres de Yauri y Chumbivilcas con una edad aproximada de 5 mil años a.C. Después los pastores de los Canas en las áreas de Chawaytiri y aun después como granjeros los Hombres de Qorqa. En un periodo Formativo aparece el hombre en el Valle de Watanay (Valle de Cusco). El pago sedentario más viejo en una primera fase empezó en Marcavalle en la parte oriental de la ciudad actual con una población relativamente organizada de granjeros y pastores en aproximadamente 1,000 a.C. la vida Organizada en la Ciudad del Cusco prácticamente empezó con ellos. Hoy la ciudad del Cusco es considerada como la ciudad viviente más vieja del Continente Americano con una antigüedad aproximadamente de 3,000 años. En una segunda fase se desarrolló la cultura de Chanapata aproximadamente 800 a.C. Después se tuvo los Estados Regionales y uno de los primeros fue Qotakalli; alrededor de 600 d.C. probablemente hace 750 d.C. paso la invasión Wari y estos construyeron los edificios que hoy se llama Pikillaqta. A consecuencia por el año 800 d.C. fue formado el Estado Regional de Killki y después el de Lucro aproximadamente 1000 d.C. lo que es conocido tradicionalmente como la civilización Inca (imperio o estado) esta empezó en su fase inicial aproximadamente en el año 1200 d.C., y en su fase expansiva en 1400 d.C. En 1533 empezó uno de las épocas más difícil de la ciudad con la llegada e invasión de los españoles.

Aun es difícil declarar exactamente quienes fueron los primeros fundadores de la ciudad del Cusco. Pudieron haber sido los colonos de Marcavalle. Víctor Angles sugiere que fueron los Sawasiras, Antasayas y Wallas, tribus establecidas en el valle antes del desarrollo del Tawantinsuyo. Otra sería de los primeros Incas Manko Qhapaq alrededor de 1200 d.C. también se sugiere que fue Pachakuteq, el noveno rey.
Finalmente después de la llegada de los primeros españoles a la ciudad el 15 de noviembre de 1533, Francisco Pizarro denominó el 23 de marzo de 1534 a la ciudad del Cusco como: CUSCO CIUDAD NOBLE Y GRANDE. En 1535 Pizarro fundó la nueva capital en Lima que tuvo mucha importancia e incluso hasta hoy. En 1536 Manko Inka empezó una guerra muy larga y sangrienta contra los invasores. Finalmente en 1572, después de una guerra que duró 36 años, Tupaq Amaru, el último emperador de la dinastía Inca fue derrotado, capturado y ejecutado cortándole la cabeza en la plaza mayor del Cusco.

En 1650 la ciudad fue afectada por un terremoto violento que destruyó los edificios coloniales. En 1780 la ciudad fue sacudida una vez más pero por solamente un temblor: Tupaq Amaru II revolucionario (su nombre originalmente fue José Gabriel Tupac Amaru Inga) luchó para la emancipación peruana pero desgraciadamente fue traicionado, derrotado y ejecutado también su familia entera y sus seguidores en la plaza mayor de la misma ciudad.
Entre 1814-15, Mateo Pumakawa fue el jefe del pueblo de Chincheros y en su juventud había luchado contra Tupaq Amaru II; empezando otra rebelión para emancipar el país junto con los hermanos Angulo y algunos otros peruanos.

En 1821 Perú recibió su independencia de España después de un proceso sangriento, largo y cruel desarrollado en todos los países de América hispana. En 1933 el Congreso de Americanistas realizado en Argentina ciudad de la Plata se declaro a la ciudad del Cusco como la "Capital Arqueológica de América del Sur". En 1950 otro violento terremoto de 7° había agitado la vieja capital inca dejando una cuarta parte de sus edificios. En 1978 la 7ma. Convención de alcaldes de las Grandes Ciudades Mundiales, realizado en Milan, Italia, declararon al Cusco como la "Herencia Cultural del Mundo". El 9 de diciembre de 1983, en París la UNESCO declaró al Cusco como, "El Patrimonio Cultural de Humanidad".

El 22 de diciembre de 1983, por medio de la Ley Nº 23765 el gobierno peruano declaró a la ciudad del Cusco como la "Capital Turística de Perú" así como el "Patrimonio Cultural de la Nación". Hoy esta ciudad es importante y forma parte de la región Inca conformada por Apurímac y Madre de Dios. La Constitución peruana de 1993 declara al Cusco como la Capital Histórica del país.